古代的中医还发现每一条脏的经络都和另一条腑的经络紧密相连。例如手臂上肺的经络和大肠的经络分别在手臂的内外两侧， 用针刺穴位治疗时，如果针尖到达的位置真正是经络的所在，那么肺和大肠的经络实际上可能只有几毫米的距离。

虽然从解剖学来看，肺和大肠在完全不同的位置，甚至找不出任何关联。但是从经络上看，这两个器官却是紧密相连的，而两条经络上的各种物理特性，例如温度、导电性、体液流动等，都会互相影响。古代的中医就把这两个器官视为相同的系统，称为“互为表里”。

中医经过几千年的观察，也确认了这两个器官发生变化时，经常是同步而且性质相同的。例如，人体出现感冒的症状时，在中医看来，这是肺热的现象(热和寒的症状是中医疾病诊断中非常重要的指标)，这时通常也会伴随着便秘的症状，中医称这时的便秘为大肠燥热症。

类似于肺与大肠互为表里的情形也发生在心和小肠、肝和胆、脾和胃、肾和膀胱等器官之间。这种“脏腑互为表里”的归纳方法，把原来的十个器官减少到五个体系，人体系统分析诊断的复杂程度立刻大幅下降。这样也有机会用五行中的五个元素，来描述所有脏和腑之间的复杂关系。

除了这五个主要的脏和腑之外，古代的中医还发现另外四条主要的经络。第一条是在手臂内侧的中心在线，称为心包经，和心包的机能有密切关系，这条经络功能的好坏直接影响血液运行的状态。第二条是位于手臂外侧的中心在线，称为三焦经，经常会反映胸腔和腹腔的问题，这条经络功能的好坏直接影响“气”的运行状态。第三条是位于人体躯干正面的中心在线，称为任脉。第四条在人体背面，称为督脉。任脉和督脉与身体所有器官都有关联，是人体最重要的经络。

由于心包和心脏是在一起的，而三焦却和所有其他的腑没有关联， 因此，中国人就把所有脏腑称为“五脏六腑”。五脏是心、肝、脾、肺、肾，其中的心包含了心和心包两个系统;六腑则是小肠、胆、胃、大肠、膀胱、三焦。除了前面所说的五脏和六腑互为表里外，心包和三焦则是另一组互为表里的经络。

比较中、西医对人体系统的描述，可以看出，西医是以近代的解剖学为基础，以眼睛所见的硬件结构来建立系统，各个系统都是独立的，系统之间并没有太多的关系。中医则是累积了数千年人类经验所形成的智能体系，以推理的方式，就整个人体的软硬件结构建立一个具备了缜密的逻辑和结构的系统，因此能够沿用数千年。

在中国古代的书籍中，很少提到“脑”，这也是中西医概念上很大的差异之一。

中医的观点中，人体是一体的,五脏六腑之间有非常紧密的关系，而且是经常保持平衡的。除了解剖学所提到的硬件之外，中医还有许多概念性或功能性的系统，例如能量系统、资源管理系统等。在过去科技不发达，没有测量仪器的年代，由于缺乏数字概念，医书中只能用各种特殊的名称来表示这些系统。如能量系统就用阴、阳、五行、虚、实、血气和火来表示；资源管理系统则用相生相克、平衡及其他的方式来表示。由于这些描述和现代科学精确的数据化用语有很大的差异，使得整个中医看起来成为难以理解的玄学。